Die Mensa ist montags bis donnerstags in der Zeit der einstündigen Mittagspause von 13.15 bis 14.15 Uhr für das Mittagessen geöffnet. In dieser Zeit haben nur Personen Zutritt in das Mensagebäude, die dort tatsächlich essen wollen. Durch ein elektronisches Chipsystem kann an einem Terminal im Eingangsbereich erkannt werden, ob für den jeweiligen Tag ein Mittagessen gebucht wurde.

Bei der Konzeption der Mensaküche, wurde einerseits darauf geachtet, dass den Schülerinnen und Schülern Essen angeboten werden kann, das vielfältig, schmackhaft ist und möglichst frisch zubereitet ist. In diesem Zusammenhang entschied man sich für das „Cook-and-Chill"-System, bei dem die Speisen in externen Großküchen vorgekocht und auf Kühlschranktemperatur abgekühlt werden. So erreichen sie die örtliche Mensa, wo dann das Aufwärmen und Endgaren in Konvektomaten erfolgt. Das dargestellte Verfahren erlaubt aktuell höchstmögliche Frische in der Schulverpflegung.
Für die Akzeptanz des Mensaessens ist es ebenfalls von Bedeutung, dass Schülerinnen und Schüler die Möglichkeit haben, für ihr Essen eine Auswahl treffen zu können. Aus diesem Grunde wird am Anne-Frank-Gymnasium das Mittagessen nach dem „Smart-Eating"-Konzept angeboten: Neben einem täglich wechselnden Tagesessen, das an der Mensatheke ausgegeben wird, können sich die Schülerinnen und Schüler selbst an einer Salat-, Pasta- und Desertbar bedienen. Außerdem haben sie noch die Möglichkeit, an der Mensatheke ein Stück Pizza zu erhalten. Alle, die das Essen bestellt haben, können sich an den Theken solange bedienen, bis sie satt sind.